Настоящее имя Афанасия Ивановича неизвестно. Он родился в Пруссии, после окончания Тридцатилетней войны поступил на службу в Россию по контракту. В 1654 году Бейтон был зачислен «в чину капитанском и порутчиком» в полк боярина и воеводы князя Алексея Никитича Трубецкого. Участвовал в русско-польской войне 1654-1667 годов. Принимал участие в боях под Смоленском, Шкловом, Быховом, Слуцком, Ригой, Мстиславлем, и осажденном Могилеве. Еще до окончания войны был отправлен в Томск для создания «полков нового строя».

В Томске Бейтон принял православие, вступил в русское подданство и женился. Некоторое время служил в Москве, после чего по собственной просьбе был отправлен в Енисейск «с поверстанием в дети боярские», и годовым окладом жалованья в 12 руб., 12 четвертей ржи, 10 четвертей овса и 3 пуда соли.

Впервые упоминается в отписке десятника енисейских казаков О. Васильева в Сибирский приказ от марта 1666 г. отписка касается постройки Селенгинского острога, о монгольских послах и Китайском государстве. Про Бейтона там пишется следующее:

«Да в нынешнем же, великие государи, во 174 году взят из Иркуцково острогу енисейской служилой человек Афонько [Фе]доров Байдон в новой Селенгинской острог для ваших великих государевых дел для толмачества тунгусково и брацково языку и мугальсково переводу. Пожалуйте, великие государи, тому толмачю в Енисейском остроге ис своей царьской казны ево казачьи оклады, денежное и хлебное, и соляное жалованье, выдать».

В Енисейске получил под командование сформированный весной 1684 года в Тобольске шестисотенный полк, с которым в 1685 году был направлен на Амур.

9 июля1685 года прибыл в Нерчинск, куда к тому времени пришли оставшиеся в живых после неудачной обороны защитники Албазинского острога возглавляемые воеводой Алексеем Толбузиным.

1 августа во главе отряда из 198 казаков Бейтон двинулся к Албазину и приступил к возведению нового Албазинского острога. В конце августа к нему присоединился Толбузин с отрядом в 316 человек. К лету 1686 года почти полностью была возведена новая крепость. В тоже время к Албазину выступило Маньчжурское войско. Войска двигались двумя группами - трехтысячная конница шла сушей, а 4500 пеших солдат и артиллерия по реке.

7 июля 1686года началась вторая осада Албазина. 11 июля китайцы предприняли штурм. Во время этого штурма воеводе Алексею Толбузину ядром «отшибло правую ногу по колено». Через четыре дня после ранения Толбузин скончался. Афанасий Иванович Бейтон принял командование крепостью и албазинским гарнизоном на себя. После неудачного штурма началась долгая осада. В сентябре и октябре защитники отбили еще два масштабных штурма. К концу 1686 года стал ощущаться недостаток в воде, топливе и противоцинготных средствах. К декабрю в живых в осажденном Албазине осталось не более 150 казаков. По донесениям Бейтона, на ногах тогда оставалось не более 30 ратных людей и около 15 подростков. Бейтон также был болен. Командование гарнизоном ему приходилось осуществлять передвигаясь по крепости на костылях.

30 ноября 1687 года было достигнуто соглашение о проведении мирных переговоров между Россией и Китаем. Цинские власти на переговорах с российскими представителями Н. Венюковым и И. Фаворовым согласились на отвод своих войск из-под Албазина до устья Зеи.

Из Москвы в Нерчинск выехал Великим и Полномочным послом окольничий Федор Алексеевич Головин. Боевые действия приостановились.

6 мая 1687 года маньчжурская армия отошла от Албазина на 4 версты. А 30 августа китайские войска ушли из-под Албазина , оставив, однако, около крепости свои посты и разъезды, которые продолжали держать ее фактически в блокаде.

27 августа 1689 года был подписан первый в истории договор России с Китаем – Нерчинский, согласно которому Россия уступала Амур Цинскому Китаю. Нерчинск оставался крайним восточным пунктом русских владений.

31 августа, Ф.А. Головин отправил Бейтону указную память, где ему предписывалось «собрав всех служилых людей, сказав им о том указ великих государей, и город Албазин разорить, и вал раскопать без остатку, и всякие воинские припасы (пушки, и зелье, и свинец, и мелкое ружье, и гранатную пушку, и гранатные ядра), и хлебные всякие припасы, и печать албазинскую взяв с собою, и служилых людей з женами и з детьми и со всеми их животы вывесть в Нерчинской. А строение деревянное, которое есть в Албазине, велеть зжечь, чтоб никакова прибежища не осталось... И разоря Албазин, со всеми воинскими припасы и хлебными запасы в Нерчинск вытти нынешним водяным путем».

8 октября 1689 года Бейтон сообщил начальству, что Албазин разрушен, и на бусах (больших лодках) с остатками гарнизона ушел водой в Нерчинск и далее с полком Головина в Москву.

В 1695 году Бейтон служил в должности казачьего головы в Иркутске, в 1696 приказчиком в Верхоленском остроге. При переводе в Удинский острог был произведен в дворяне московского списка. Умер в1701 году.

К заслугам его стоит отнести создания листа, вошедшего в состав Хорографической чертёжной книги Сибири, составленной С. У. Ремизовым. Лист называется «Свидѣтельство Даурскаго Полковника Ωѳна^сия. Iванова с^ына Баiдона».

Сыновья - Андрей, Иван, Федор, Яков