12 августа 1689 года недалеко от Нерчинска, в развилке рек Шилка и Нерча, состоялась первая встреча русского посольства с посольством Цинской династии Китая. Послы встречались, находясь в своих шатрах, поставленных на близком расстоянии друг от друга так, что сами послы, их помощники и сотрудники могли хорошо видеть и слышать друг друга. У каждого шатра размещалось по 300 охранников, а у цинского посла было еще 800 вооруженных воинов, выставленных на берегу реки Шилки, через которую посольство каждый раз переправлялось для ведения переговоров.

29 августа в 50 саженях от укреплений (надолбов) Нерчинского острога состоялся заключительный съезд посольств, на нем были завершены переговоры и подписан договор о территориальном разграничении и установлении мирных отношений между Русским государством и Цинской империей. Договор был составлен на русском, маньчжурском и латинском языках в двух экземплярах-альтернативах. Тексты договоров были подписаны послами и скреплены печатями. После обменялись экземплярами документа и дали клятву, что договор будет неукоснительно соблюдаться.
Это был первый в истории России и Китая договор о межгосударственных отношениях. Переговоры в Нерчинске проходили в неравных для русской стороны условиях. Русское правительство переживало в этот период внутренние осложнения, вызванные борьбой дворцовых кругов за царский трон, и было озадачено укреплением в первую очередь своих ближайших границ – на западе и юге. Оно не смогло выделить необходимые военные силы и ресурсы для защиты далеких приамурских территорий, которые в первой половине XVII в. были освоены русскими и являлись частью России.
Цинская династия, стремясь к изоляции собственной маньчжурской вотчины от внешнего мира, использовала свое стратегическое преимущество, значительный перевес в военных силах и ставила задачу вытеснить русских с Амурского бассейна, уничтожить построенные ими здесь крепости и земледельческие поселения. С этой целью маньчжуры прибегли к вооруженному вторжению в Приамурье, которое ими не осваивалось и не управлялось. Осуществляя утвержденный цинским правительством «Стратегический план устранения русских», маньчжурские войска накануне Нерчинских переговоров многократно превосходящими силами взяли в осаду, а затем сожгли Албазинский острог, построенный русскими первопроходцами и занимавший ключевые позиции на амурском направлении.
&Не имея возможности вести войны на Амуре, русское правительство решило с максимальной возможностью использовать мирные средства урегулирования, вступив в переговоры с Цинской империей в целях заключения договора о мире, торговле и размежевании. Осада Албазинского острога маньчжурами продолжалась 10 месяцев, до мая 1687 года. К этому времени в остроге осталось в живых лишь 70 человек, но они не сдались. Встретив героическое сопротивление русских, а также в силу ряда других причин внутреннего и внешнего характера, Цинцы были вынуждены отдать войскам приказ об отступлении от Албазина и предложить русскому правительству провести мирные переговоры.
Русским полномочным послом был назначен «окольничий и наместник брянский» Ф. А. Головин, а его товарищем, вторым послом – И. Е. Власов, стольник, нерчинский воевода, хорошо знавший местные условия и знакомый с посольскими делами. Посольство сопровождала свита из 20 человек, ему же был придан полк, состоявший из стрельцов и собранных в разных городах Сибири служилых людей, всего 1400 ратников.
Ф. А. Головину были представлены полномочия не только на дипломатическую деятельность, но и также на административную и военную, поскольку на него возлагалась обязанность принять меры к восстановлению разрушенных маньчжурскими войсками городов и острогов. Фактически на правах наместника он получал власть над территорией Иркутского, Нерчинского и Албазинского уездов и новые воинские силы.
Инструкция, данная русским правительством Ф. А. Головину на ведение переговоров с цинским посольством, носила исключительно миролюбивый, компромиссно-уступчивый характер. Царское правительство по существу заведомо шло на вынужденную уступку Китаю значительной части своих владений по Амуру. Оно настойчиво требовало от своего посла заключения мирного договора любой ценой, вести «пространные и любовные разговоры» по вопросу установления границы между двумя странами.
В соответствии с инструкцией русский посол должен был добиваться, чтобы между Россией и Китаем «границею постановить и в крепости написать реку Амур». Это была основная позиция, кроме нее предусматривались и запасные. Перед прибытием в Нерчинск Ф.А. Головин получил дополнительную царскую грамоту, где указывалось, что если маньчжуры не уступят Албазин, то согласиться на его разорение, а затем отступить в Нерчинск и Удинск, оставив в этих пунктах часть служилых людей, а с остальными «московскими начальниками и служилыми людьми идти к Москве».
Как и ожидалось, для русской стороны переговоры с самого начала приобрели затяжной и изнурительный характер. Цинский посол в резкой форме выразил протест по поводу установления границы по Амуру. Он голословно заявил, что будто «по реку Амур никогда царского величества люди не влаживали», а «все земли, которые на сей стороне Байкала-моря, надлежит в сторону бугдыханова высочества». Это была необоснованная претензия на огромную русскую территорию, расположенную к востоку от Байкала. Цинцы упорно добивались сделать границей Нерчинск, а Албазинский острог полностью стереть с лица земли.
Русским послам пришлось вести переговоры под угрозой прямого применения против них маньчжурских вооруженных сил. Цинское посольство переселилось на судах вниз по Шилке, продемонстрировав тем самым, что не желает продолжение переговоров. Одновременно вокруг Нерчинска по горам расположились маньчжурские отборные армейские и морские войска с развернутыми знаменами и оснащенными артиллерией общей численностью свыше 15 тыс. человек. В распоряжение русского посольства было не менее 1,5 тыс. охранников без достаточного количества боеприпасов и продовольствия. Кольцо военной блокады вокруг Нерчинска усиливалось, в открытую готовился его штурм. Это была явная демонстрация цинских военных сил перед слабо защищенным русским городом.
Помимо многочисленного войска в распоряжении цинских военачальников находились также изменившие буряты и онкоты численностью около 2 тыс. человек. Подкупленные и подстрекаемые маньчжурами, они были готовы к вооруженному нападению на Нерчинск и на самих русских послов.
Лишь твердость и мужество русского посольства и защитников Нерчинска да память о Камарском сидении не позволили цинцам полностью осуществить свои экспансионистские планы. Русские земли «за Байкал-морем» не отошли к богдыхану, а Нерчинск не стал границей. Но с правовой точки зрения Русское государство достигло мира с цинским Китаем ценой огромных территориальных уступок. В результате подписания Нерчинского договора от России к Китаю отошли значительные территории по левому берегу верхнего Амура и по правому берегу Аргуни, ранее никогда ему не принадлежащие. Характерно, что самими цинскими властями была официально признана неравноправность договора. В докладе цинскому императору по случаю его заключения говорилось: «Русские… вполне согласились с нашим планом касательно определения границы, и, таким образом, земли, лежащие на северо-востоке на пространстве нескольких тысяч ли и никогда ранее не принадлежащие Китаю, вошли в состав ваших владений».